Mặc dù cDNA được phát hiện từ các loại virut gây nhiều bệnh hiểm nghèo, nhưng hiểu biết về nó có vai trò và ứng dụng quan trọng trong nghiên cứu, công nghệ gen và sản xuất thuốc chữa bệnh.

• Khác hẳn ADN gốc đã tạo ra ARN, phân tử cDNA có trình tự bộ ba mã di truyền y hệt, nhưng lại không có đoạn phân mảnh vô ích (các intron) đã bị cắt bỏ trong chế biến sau phiên mã, nên được ứng dụng trong kỹ thuật di truyền để tạo dòng vô tính các gen cần.[6]
• Khác hẳn ARN đã tạo ra nó, các phân tử cDNA có thể được nhân bản vô tính một cách dễ dàng, tạo nên "dòng vô tính cDNA" (hình 3).
• Phân tích trình tự cDNA dễ dàng hơn nhiều so với ARN, do đó phân tích cDNA là kiểu cơ bản để phân tích ARN, đặc biệt là với mARN nhân thực.[7]
• cDNA còn thường được sử dụng trong nhân bản gen hoặc như đầu dò gen. Khi các nhà khoa học chuyển gen từ tế bào này sang tế bào khác để tạo ra ADN-tái tổ hợp, thì người ta chỉ cần dùng cDNA "chèn" vào tế bào nhận, mà không phải là chèn nhiều gen, kích thước nhỏ hơn hẳn do đã bị loại bỏ hết các đoạn không mã hóa prôtêin (intron).
• Khi khuếch đại các trình tự ADN bằng công nghệ PCR hiện nay phổ biến, thì người ta thường tiến hành phiên mã ngược, tạo ra cDNA rồi mới cho "chạy" máy PCR để thu được một chuỗi chính xác của cDNA.[8]

Chính vì lý do có thể mang lại lợi ích cho cộng đồng như thế, nên ngày 13 tháng 6 năm 2013, Tòa án tối cao Hoa Kỳ đã phán quyết trong trường hợp của Hiệp hội phân tử Pathology v. Myriad Genetics nội dung tóm tắt rằng: cDNA tổng hợp được tạo ra có thể được cấp bằng sáng chế, ngược lại ADN tự nhiên được chiết xuất thì không được cắp bằng vì nó không xảy ra tự nhiên.[9]

• Hình 2: Sự khuếch đại cDNA rất nhanh trong cơ thể sống.
• Hình 3: Sơ đồ tạo "dòng cDNA" in vitro.
• Hình 4: Một đoạn của cDNA microarray.